Mirage spielt in Bagdad zwischen 870 und 860 v. Chr., nach der Anarchie von Samarra. Die Geschichte dreht sich um einen jungen Assassinen namens Basim Ibn Ishaq, ursprünglich ein Dieb, der sich den Verborgenen anschließt, die dem Prinzen von Persien nachempfunden sind.
Hier ist die offizielle Inhaltsangabe des Spiels: "In Assassin's Creed Mirage spielen Sie Basim, einen geschickten Taschendieb mit alptraumhaften Visionen, auf der Suche nach Antworten und Gerechtigkeit. Sie schließen sich den Reihen einer alten Gesellschaft an und entdecken ein neues Glaubensbekenntnis, das Basims Schicksal auf eine Weise verändert, die er sich nie hätte vorstellen können."